Das Kerbholz (auch -stock oder -knochen) war seit dem Altertum als Buchhaltungs- und Zählmittel gebräuchlich. Damit wurden insbesondere auch die Schuldverhältnisse festgehalten. Es galt im Mittelalter als Beweismittel und wurde von der Bank von England noch bis 1826 verwendet und als Steuerquittung bis 1834. Eine moderne Anwendung noch heute ist in der Kneipe der Bierdeckel auf dem eine Strichliste für deine Getränke "angelegt" wird, also deine Schuld gegenüber dem Wirt. (s.a. Wikipedia)
Die Bedeutung des Sprichworts geht auf die Bedeutung als Schuldliste zurück:
Wer also etwas auf dem Kerbholz hat, ist irgendetwas schuldig, hat sich eine Schuld aufgeladen.